Pathotypage et virotypage

Pathotypage

L’évaluation initiale de la présence d’E. coli pathogènes dans les échantillons se fait principalement par la détection des facteurs de virulence appropriés par PCR. Les échantillons généralement utilisés sont les intestins ou les fèces d’animaux atteints de diarrhée, les tissus extraintestinaux d’animaux atteints de septicémie ou d’infections localisées, l’eau, le sol, la boue, les déchets organiques de l’environnement ou les aliments contaminés. Ces échantillons sont testés après un enrichissement d’une nuit. Des cultures d’E. coli peuvent aussi nous être envoyées pour être testées et permettre l’identification des pathotypes. Pour les échantillons provenant d’animaux malades, nous utilisons des analyses ciblant les facteurs de virulence appropriés et permettant l’identification des pathotypes généralement associés à l’espèce animale et aux signes cliniques observés (voir les sections  Maladies, et Facteurs de virulence et sérogroupes dans Les E. coli pathogènes). Pour les échantillons environnementaux dont la source animale de contamination est identifiée, des analyses sont effectuées pour cibler les facteurs de virulence généralement associés à l’espèce animale potentiellement responsable de la contamination. Si la source de contamination des échantillons est inconnue ou si l’on souhaite tout simplement éliminer la possibilité d’une contamination par des E. coli pathogènes, des analyses sont effectuées afin de cibler un plus grand nombre de facteurs de virulence englobant tous les E. coli pathogènes connus. Communiquez avec nous pour plus d’information.

Tests suggérés pour les facteurs de virulence et prix pour le pathotypage
Espèce animale	Signes cliniques de la maladie	Facteurs de virulence	Prix ($ CAN)*
			1er échant.	Échant. suppl.
Toutes les espèces	Diarrhée	STa, STb, LT, Eae, Stx1(VT1) et Stx2(VT2)	40 $	35 $
	Échantillons extraintestinaux	STa, STb, LT, Eae, Stx1(VT1), Stx2(VT2), CNF, P, Aérobactine et Tsh (Tsh pour les échantillons aviaires)	60 $	55 $
Porc	Diarrhée	STa, STb, LT, Eae et F4(K88)	35 $	30 $
	Œdème	Stx2e(VT2e) et F18	15 $	13 $
Boeuf (veau)	Diarrhée ou dysenterie hémorragique	STa, Eae, Stx1(VT1) et Stx2(VT2)	35 $	30 $
Volaille	Colisepticémie ou cellulite	Aérobactine, P et Tsh	30 $	25 $
Chien et chat	Diarrhée	STa, Eae, CNF et P	35 $	30 $
	Maladie du tractus urinaire	CNF, P et Aérobactine	30 $	25 $
Lapin	Diarrhée	Eae	10 $	8 $
Humain	Diarrhée	STa, LT, Eae, Stx1(VT1) et Stx2(VT2)	40 $	35 $
	Maladie du tractus urinaire et septicémie	CNF, P, Aérobactine et Hémolysine	35 $	30 $
		Adhésines fimbriaires ou autres facteurs supplémentaires	8 $	6 $

* Prix sujets à des révisions sans préavis

Le délai pour ces tests est de 1 à 3 jours ouvrables.

Pour soumettre un échantillon provenant de l’extérieur du Canada, un permis est requis pour l’entrée des échantillons au Canada. La demande de permis est faite par le EcL à partir des informations fournies par le client. Le permis est généralement livré dans un délai d’une semaine au coût de 35 $ CAN* pour un seul échantillon ou de 60 $ CAN* pour plusieurs échantillons. Ce dernier est valide pour un an, quel que soit le nombre d’échantillons. Le coût du permis est à la charge du client. Communiquez avec notre service technique pour plus d’information.

Afin de faciliter le choix des facteurs de virulence à tester et l’interprétation des résultats, et pour usages épidémiologiques, il est important de fournir un bref historique du cas (signes cliniques, espèce animale, âge, sexe, origine de l’échantillon...).

Communiquez avec nous pour de plus amples informations ou pour discuter de tarifs particuliers pour un nombre important d’échantillons ou de facteurs de virulence à tester, notamment pour des problèmes de troupeaux, des évaluations de vaccin ou d’efficacité de méthodes préventives.

* Prix sujets à des changements sans préavis

Virotypage

Afin de déterminer le virotype d’une souche, il est possible de tester les différents facteurs de virulence sur des souches d’E. coli ou des isolats soumis au EcL, ou encore sur les colonies individuelles isolées à partir d’un échantillon soumis au EcL. Le EcL peut tester les facteurs de virulence appropriés par PCR ou par hybridation sur colonie, selon le nombre de facteurs de virulence et d’isolats à tester, et dans certains cas, selon le test demandé. La méthode standard de référence au EcL est la PCR, cette dernière étant utilisée pour confirmer le virotypage définitif des souches. Cependant, lorsqu’un un grand nombre de facteurs de virulence ou d’isolats doit être testé, il peut être plus économique d’utiliser l’hybridation sur colonie. Cette alternative s’avère intéressante pour les études épidémiologiques à grande échelle.

Virotypage
Prix	Pour la PCR, le prix dépend de la méthode utilisée (multiplex ou simple PCR) : 7 $* par facteur de virulence pour le 1er échantillon 5 $* par facteur de virulence pour chaque échantillon suppl.
Délai	1 à 3 jours ouvrables

* Prix sujets à des révisions sans préavis ($ CAN)

Facteurs de virulence pouvant être testés

Pour le diagnostic de routine, le EcL utilise généralement l’hybridation sur colonie. Les 20 facteurs de virulence suivants sont testés, au coût de 60 $ CAN* par échantillon. Les prix sont sujets à des révisions sans préavis.

Toxines : LT, STa, STb, Stx1(VT1), Stx2(VT2), CNF, EAST1, Aérobactine, Tsh Fimbriae / adhésines : F4(K88), F5(K99), F6(987P), F41, P, AFA, F17, F18ab/ac(F107), Eae, Paa, AIDA

* Prix sujet à des révisions sans préavis

Cette analyse permet d’identifier les virotypes généralement associés aux différentes espèces animales et à leurs maladies (voir les sections Maladies et Facteurs de virulence et sérogroupes dans Les E. coli pathogènes). Pour les isolats provenant d’échantillons environnementaux ou d’autres échantillons, et dont la source animale de contamination est identifiée, des analyses sont effectuées pour cibler les facteurs de virulence associés à l’espèce animale potentiellement responsable de la contamination. Si la source de contamination des échantillons est inconnue, ou si l’on souhaite tout simplement éliminer la possibilité d’une contamination par des E. coli pathogènes, des analyses sont effectuées pour cibler un plus grand nombre de facteurs de virulence englobant tous les E. coli pathogènes connus.

Le tableau ci-dessous énumère les facteurs de virulence généralement associés aux différents pathotypes d’E. coli pathogènes, englobant la plupart des E. coli pathogènes connus. Il est recommandé de tester les facteurs de virulence énumérés dans ce tableau pour un virotypage complet ou pour toutes analyses de facteurs de virulence. Communiquez avec nous pour plus d’information.

Facteurs de virulence généralement associés aux différents pathotypes d’E coli
Catégories d’ E. coli pathogènes		Facteurs de virulence
CDEC	E. coli cyto-détachant (Cell-detaching E. coli)	Toxines Cytoléthales Distendantes (Cytolethal distending toxins) : CDT3, CDT4 Facteurs cytotoxiques nécrosants (Cytotoxic necrotizing factors) : CNF1, CNF2
DAEC	E. coli à adhésion diffuse (Diffuse adherence E. coli)	Adhés ines impliquées dans l’adhérence diffuse : AIDA, daaE
ETEC	E. coli entérotoxinogène (Enterotoxigenic E. coliI)	Facteurs d’adhésion chez les ETEC humains : CFAI, CFAII(CS1coo), CFAII(CS3cst) Facteurs d’adhésion chez les espèces porcine et bovine : F4(K88), F5(K99), F18, F41 Entérotoxines : Toxine thermolabile (heat-labile toxin, LT), toxine thermostable humaine (human heat-stable toxin; STaH), toxine thermostable porcine (heat-stable toxin; STaP), toxine thermostable de type II (heat-stable toxin type II; STb)
EPEC	E. coli entérohémorragique (Enterohemorragic E. coli)	Toxines Shiga : Stx1, Stx2, VT2vpl, VT2vh An tigène flagellaire : FliC
EHEC	E. coli entérohémorragique (Enterohemorragic E. coli)	Toxines Shiga : Stx1, Stx2, VT2vpl, VT2vh An tigène flagellaire : FliC
EaggEC	E. coli entéro-agrégatif (Enteroaggregative E. coli)	Facteurs d’adhésion : aggR, AAF/1 Toxine : EAST1
EHEC   EPEC	E. coli entérohémorragique (Enterohemorragic E. coli) E. coli entéropathogène (Enteropathogenic E. coli)	Gène d’attachement et d’effacement : Paa
EHEC   UPEC	E. coli entérohémorragique (Enterohemorragic E.coli) E. coli uropathogène (Uropathogenic E. coli)	Hémolysines : HlyA, HlyC, Ehx
SEPEC   MENEC   UPEC	E. coli septicémique (Septicemic E. coli) E. coli des méningites (Meningitis associated E. coli) E. coli uropathogène (Uropathogenic E. coli)	Aérobactine : iuc
SEPEC   UPEC	E. coli septicémique (Septicemic E. coli) E. coli uropathogène (Uropathogenic E. coli)	Facteurs d’adhésion : PapC , PapG
UPEC	E. coli uropathogène (Uropathogenic E. coli)	Facteurs d’adhésion : AFA, SFA, Type 1(FimA)
ExPEC	E. coli extraintestinal (Extraintestinal E. coli)	Facteur d’adhésion : CS31a Autotransporteur : Tsh

Le sous-typage de certaines adhésines fimbriaires peut être effectué par PCR. Par exemple, pour les E. coli F4(K88), il est possible d’identifier les sous-types ab, ac et ad. Pour les fimbriae P, il est possible d’identifier les sous-types F7 à F16 et F165. Communiquez avec nous pour plus d’information.

Haut de la page