Les E. coli pathogènes
Bactérie E. coli
E. coli est une bactérie Gram négatif en bâtonnet peuplant la microflore intestinale ou l’écosystème des mammifères et des oiseaux. La classification des E. coli est divisée entre 150 et 200 sérogroupes, déterminés par les antigènes somatiques (O), capsulaires (K), fimbriaux (F) et flagellaires (H).
Sous-groupes de clones divisés selon leur capacité à causer la maladie
La plupart des E. coli sont commensaux, c’est-à-dire qu’ils résident dans l’intestin sans être un danger pour leur hôte. Seule une mince proportion des souches sont pathogènes, produisant des facteurs de virulence qui peuvent causer la maladie. Certains E. coli possèdent des gènes de virulence combinés dont le lien avec la maladie est inconnu, ils sont donc considérés comme potentiellement pathogènes. Tous les E. coli peuvent transporter des gènes de résistance aux agents antimicrobiens.
Subdivision des E. coli pathogènes (pathotypes)
Les E. coli pathogènes sont classifiés selon les pathotypes déterminés sur la production des principales classes de facteurs de virulence et sur le mécanisme par lequel ils causent la maladie. Pour chaque pathotype, les souches sont divisées selon les virotypes ou les profils de gènes de virulence déterminés sur la présence des combinaisons de gènes de virulence. Ainsi, les souches appartenant à un pathotype précis font partie d’un nombre restreint de sérotypes ou de clones. Les techniques de génotypage moléculaire ou d’empreinte génétique comme l’électrophorèse à champs pulsés (pulse-field gel electrophoresis; PFGE) sont de plus en plus utilisées de façon complémentaire ou en remplacement du sérotypage pour la surveillance épidémiologique des E. coli chez les animaux et dans leur environnement.
Écologie des E. coli pathogènes
Les E. coli sont excrétés dans l’environnement immédiat des animaux par les fèces. Ils contaminent ainsi les parcs, la litière et le plancher des animaux élevés à l’intérieur et le sol pour les animaux élevés à l’extérieur. Les E. coli peuvent persister dans l’environnement de longues périodes pouvant aller à plus de 10 semaines, et peuvent être répandus dans la terre et l’eau de surface via le fumier et le lisier utilisés pour fertiliser les champs et les cultures. Les E. coli sont transmis aux autres animaux par la nourriture contaminée, par la manipulation et par l’eau potable. Ils peuvent aussi être transmis entre les fermes via les véhicules de transport. L’infection se fait par voie orale ou, dans le cas des oiseaux, par l’inhalation de poussière contaminée. Les E. coli d’origine animale peuvent aussi être transmis aux humains par contact direct ou par ingestion de nourriture ou d’eau contaminées par l’épandage de lisier, ou encore par ingestion de viande contaminée à l’abattoir. Chez le porc, les infections intestinales associées aux ETEC et aux STEC (maladie de l’œdème) sont souvent contagieuses, la même souche pouvant être retrouvée chez les porcs malades d’un même lot ou d’un lot à l’autre. Ces souches sont généralement excrétées pour seulement quelques jours après l’infection, probablement en raison du développement de l’immunité chez l'animal excréteur. Quant à elles, les infections associées aux ExPEC n’ont pas le même mécanisme que les maladies transmissibles.
Dans un même lot d’animaux par exemple, différentes souches peuvent être retrouvées chez différents animaux et des infections mixtes associées à plus d’une souche peuvent affecter certains autres animaux, sans relation apparente entre la souche ou la combinaison de souches et la maladie.
La microflore fécale est un réservoir pour les infections extraintestinales telles que les mastites ou l’infection du tractus urinaire.
De la même façon, les EPEC sont généralement retrouvés dans les intestins et les fèces des animaux sains, pouvant toutefois causer la maladie chez les animaux immunodéficients.
Les E. coli et le concept « Une seule santé »
Écologie des E. coli
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